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Una proteína a cámara lenta

Estudiamos una de las muchas proteínas de nuestro cuerpo. En el Alzheimer se altera dentro de las neuronas y deja de hacer bien su trabajo.

ParaI+D farmacéutica, biotecnológica y grupos de investigación

dinámica molecular

El reto

Por qué importa

Se conoce bastante bien qué hace esta proteína, pero no tanto cómo se mueve. Ese detalle, a escala de átomos y de millonésimas de segundo, es muy difícil de ver en el laboratorio.

Cómo lo resolvemos

Datos, modelo, solución

  1. 01

    Datos

    Estructura de la proteína y parámetros físicos de cada átomo y su entorno.

  2. 02

    Modelo

    Simulación de dinámica molecular en supercomputación: millones de pasos de tiempo.

  3. 03

    Solución

    Trayectorias que muestran cómo se pliega y se mueve: lo que un microscopio no ve.

Qué incluye

En detalle

  • Dinámica molecular
  • Supercomputación (HPC)
  • Biología estructural
  • Análisis de trayectorias
  • Simulación de la proteína en su entorno, átomo a átomo
  • Análisis de conformaciones y regiones flexibles
  • Cálculo intensivo en supercomputación
  • Base para orientar el diseño de futuros fármacos

No es un tratamiento: ayuda a entender la enfermedad y a orientar futuras terapias.

Preguntas frecuentes

Lo que nos suelen preguntar

¿Qué es la dinámica molecular?

Una técnica de simulación que calcula, paso a paso, las fuerzas entre los átomos de una molécula para reproducir cómo se mueve con el tiempo.

¿Por qué hace falta supercomputación?

Una proteína con su entorno tiene cientos de miles de átomos y hay que simular millones de pasos muy cortos: solo es viable con cálculo de alto rendimiento.

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